Срокът може да е минал, но системата ще приеме подадената от Вас Д1 за лицето. Тя няма да формира никакви задължения - имате само ДДФЛ. С Д6 сте в срок доколкото сте решили да плащате през 01.2020.
Не виждам причина за притеснение.

но не знам какво Д1 и за кой период ще подадете тогава.