Както казахте - въпрос на договор. Гаранцията може да е % от стойността на изработеното, от стойността на фактурата или от стойността на плащането. При нас обикновено е процент от изработеното по приемо-предавателен протокол. Напр. При изработено 1000, 5% гаранция /50 лв/, и аванс 300, издаваме фактура за: Извършено... 1000, приспаднат аванс 300, стойност 700, ДДС 140, общо 840, а ни плащат 790 лв /840-50/ Тези 50 лв се плащат след време, без да се издава фактура. До тогава стоят на разчет.
През годините сме имали и таъв случай - изпълнено 1000, гаранция 50, за плащане 950. Фактурираме 950 - 300 аванс= 650, ДДС 130, общо780. Плащат 780. След време плащат онези 50 и издаваме фактура за гаранзионно обслужване 50+10 бв ДДС= 60 лв. Плащат 60.
Мисля, че първият вариант е по-правилен.