Трудов договор и обучение

Здравейте, можете ли да ми дадете съвет  :
Имаме момиче, което вече 2 год. работи при нас на Тр. договор - техн. секретар.
Иска да запише магистратура дистанционно и управителя се съгласи да и я плати.
Според вас как е най-добре да се оформи, по най-благоприятния за фирмата начин...... разбира се 
Ако е договор за квалификация, в него се отразяват само сумите, които се плащат за обучението ( поне така си мисля  ), а заплатата по Трудовия договор 
Не знам дали ме разбрахте