Ликвидацията е прекратяване съществуването на ЮЛНЦ. В общия случай тя се извършва от управителния орган или от назначено за целта лице. Ако не е определен ликвидатор от управителния орган, такъв се назначава от окръжния съд по седалището на ЮЛНЦ.
ЗЮЛНЦ препраща към разпоредбите на Търговския Закон за процедурата на ликвидация при следното уточнение, че подлежащите на вписване в търговския регистър актове на съда по несъстоятелността се вписват в регистъра на юридическите лица с нестопанска цел и се обнародват в "Държавен вестник", а подлежащите на обявяване в търговския регистър актове се обнародват в "Държавен вестник".
Съгласно ТЗ ликвидацията следва следният ред:
1. Решение на органа за управление за начало на процедура по ликвидация.
Това решение следва да определя следните обстоятелства: начало на ликвидацията и начало на прекратена дейност, срок на ликвидацията (който не може да бъде по-кратък от 6 месеца), приемане на първоначален ликвидационен отчет и баланс, назначаване на ликвидатор (физическо лице), определяне възнаграждението на ликвидатора. Към искането за обявяване в ликвидация, заедно с решението се прилагат: нотариално заверен спесимен на ликвидатора, в който декларира, че е съгласен да бъде ликвидатор на сдружението/фондацията и ще се подписва по определен начин, удостоверение за уведомлението до НАП по чл. 77 от ДОПК, издадено от НАП; Решението се вписва в регистъра на юридическите лица с нестопанска цел.
2. След като се постанови съдебното решение за обявяване в ликвидация, ликвидаторът е длъжен в 7 дневен срок от вземане на решението от съда да уведоми регистър БУЛСТАТ за това.
Също така ликвидаторът следва да уведоми и ЦР при МП, ако се ликвидира ЮЛНЦ, вписано в регистъра;
3. Ликвидаторът обявява покана до кредиторите за предявяване на вземанията спрямо ЮЛНЦ и определя срок за предявяването – не по-малко от 6 месеца.
Поканата се обявява в „Държавен вестник”.
4. Ликвидаторът довършва текущите дейности на ЮЛНЦ, събира вземанията му и осребрява наличното имущество.
Ако е имало лица назначени на трудово правоотношение, при прекратяване на дейността на осигурителите, които нямат правоприемник, разплащателните ведомости се предават в съответното териториално поделение на Националния осигурителен институт. Към разплащателните ведомости се прилагат и трудови договори (заповеди за назначаване), заповеди за преназначаване, заповеди за ползван неплатен отпуск над 30 работни дни, заповеди за прекратяване на трудови или служебни правоотношения. Уведомлението от НОИ за предаване на разплащателните ведомости се прилага за вписване към решението за заличаване на ЮЛНЦ.
5. След като приключи срокът за ликвидация на дружеството и са удовлетворени всички кредитори, управителният орган взема решение за заличаване на ЮЛНЦ от регистрите.
С решението се приема крайният ликвидационен отчет и баланс на ликвидаторите, разпределението на имуществото и се освобождава ликвидаторът от отговорност. Към искането за заличаване се прилага решението и следните документи: декларация на ликвидатор, че всички кредитори са удовлетворени (на основание чл. 273(1) ТЗ), краен ликвидационен отчет и баланс, годишен отчет на ликвидатора, пояснителен доклад към ликвидационния баланс на ликвидатора, удостоверение от НОИ за предаване на разплащателни ведомости.
6. След като бъде постановено съдебното решение за заличаване на ЮЛНЦ, следва да се уведоми за това регистър БУЛСТАТ (отново в седем дневен срок от датата на получаване на съдебното решение), както и да се предаде БУЛСТАТ картата. След заличаването от БУЛСТАТ, ЮЛНЦ следва да бъде заличено и от ЦР при МП, ако е било регистрирано там.
7. В 14 дневен срок от прекратяване на ЮЛНЦ следва да се подаде заявление за дерегистрация по ЗДДС в компетентната териториална дирекция на НАП.
В срок от 7 дни от постъпване на заявлението органът по приходите извършва проверка на основанието за дерегистрация. До 7 дни след приключване на проверката органът по приходите издава акт, с който извършва или мотивирано отказва да извърши дерегистрацията. Към датата на дерегистрацията се смята, че лицето извършва доставка за целите на ЗДДС на всички налични стоки и/или услуги, за които е ползвало изцяло или частично данъчен кредит и които са:
• Активи по смисъла на Закона за счетоводството
• Активи по смисъла на ЗКПО
8. Ако ЮЛНЦ е извършвало стопанска дейност, към датата на прекратяването дължи корпоративен данък за периода от началото на годината до датата на прекратяването.
При определяне на данъка се приспадат внесените авансови вноски от началото на годината до датата на вписване на прекратяването. Дължимият корпоративен данък се внася в 30-дневен срок от датата на вписване на прекратяването. Внесеният корпоративен данък при прекратяването се приспада от дължимия годишен корпоративен данък за годината на прекратяването или от дължимия корпоративен данък за последния данъчен период, когато датата на подаване на искането за заличаване при ликвидация, е в една и съща година с датата на прекратяването. Когато обаче датата на прекратяване и датата на подаване на искането за заличаване при ликвидация са в различни години, с годишната данъчна декларация за годината на прекратяването се подават финансовият отчет, съставен към датата на прекратяването, и финансовият отчет, съставен към 31 декември на годината на прекратяване на данъчно задълженото лице.
• Корпоративният данък се определя за последния данъчен период. При прекратяване с ликвидация последния данъчен период обхваща времето от 1 януари на годината, в която е подадено искането за заличаване до датата на подаване на искането. Данъчната декларация по ЗКПО при прекратяване с ликвидация се подава на датата на подаване на искането за заличаване заедно с копие от него. • Следва да се има предвид, че когато датата на подаване на искането за заличаване при ликвидация е преди 31 март и годишната данъчна декларация не е подадена, ЮЛНЦ подава декларацията на датата на подаване на искането за заличаване заедно с копие от него.
• Когато датата на прекратяването и датата на подаване на искането за заличаване при ликвидация, са в една и съща година, с данъчната декларация се подават финансовият отчет, съставен към датата на прекратяването, и финансовият отчет, съставен към датата на подаване на искането за заличаване. Дължимият корпоративен данък за последния данъчен период се внася до датата на подаване на искането за заличаване на ЮЛНЦ.
• Със заличаване на ЮЛНЦ от регистъра към окръжния съд по седалището на дружеството, приключва съществуването му.