Зависи какво пише в договора.
Ако е записано, че всички такси са за сметка на клиента, то те са част от данъчната основа на доставката и трябва да се префактурират с начислен ДДС.
Ако таксите са за Ваша сметка, но са платени от клиента, то няма прехвърляне на собственост върху стока, нито извършване на услуга и съответно не е необходимо издаването на документ по смисъла на ЗДДС. Т.е. може да си уредите плащането с друг документ по Ваш избор - квитанция, разписка или друг.