Болничен и ТД по чл.114

Имам лице, наето по по.114 от КТ, за работа в определени дни от месеца. По график лицето работи вторник и четвъртък. През март излиза в болничен от вторник до петък. В прил. 9 съм посочила, че е осигурено за съответния риск, в Д1 са отчетени 2 дни за сметка на работодателя.
ТД с лицето е прекратен през м. Юли.
През август, НОИ правят предписание да коригирам прил. 9 - лицето не е осигурено за съответния риск и да изтрия от Д1 двата дни. Коригирам прил. 9 и обжалвам предписанието. Жалбата е отхвърлена.
Въпросът ми е , правилно ли трябва да премахна двата дни, в които лицето се води в болничен при нас от Д1 и по какъв начин да впиша отсъствието, след като ТД е прекратен, не мога със задна дата да напиша заповед за неплатен отпуск.
Изобщо работодателят има ли право да плати в този случай двата дни болничен?