Отстраняването на пропуски е регламентирано в чл. 126 от ЗДДС и се прави като включите в дневниците неотразения документ от минал период и подадете уведомление до НАП за отразяване на промяната на задължението за периода, за който се отнасат пропуснатите фактури. Във вашия случай, при фактури с нулева ставка (предполагам), не е необходимо да подавате уведомление поради липсата на промяна на задължението. Просто включете фактурите във вида, в който са.