КТ Чл. 121. (1) Когато нуждите на предприятието налагат, работодателят може да командирова работника или служителя за изпълнение на трудовите задължения извън мястото на постоянната му работа, но за не повече от 30 календарни дни без прекъсване.
НКС Чл. 6. (1) Не се считат командировани лицата, които:
2. изпълняват служебни задачи в границите на населените места, където е мястото на работата им, определено при възникване на трудовото правоотношение;
Според мен, ако сте документирали добре, че постоянното работно място на работника е в София, не би трябвало да има проблем с признаването на командировъчните.