Аз мисля, че изобщо не е необходимо да издавате фактура нито за преведения заем, нито за лихвите. Ситуацията Ви отговаря на чл. 113 и чл. 46 от ЗДДС:
Чл. 113. (1) Всяко данъчно задължено лице - доставчик, е длъжно да издаде фактура за извършената от него доставка на стока или услуга или при получаване на авансово плащане преди това освен в случаите, когато доставката се документира с протокол по чл. 117.
(2) Фактурата се издава най-малко в два екземпляра - за доставчика и за получателя.
(3) Фактура може да не се издава:
1. за доставки, по които получателят е данъчно незадължено физическо лице;
2. за доставки на финансови услуги по чл. 46;
Доставка на финансови услуги
Чл. 46. (1) Освободена доставка е:
1. договарянето, отпускането и управлението на кредит срещу насрещна престация (лихва) от лицето, което го отпуска, включително отпускането, договарянето и управлението на кредит при доставка на стоки при условията на договор за лизинг;
Договорът и преводът по банков път са напълно дастатъчни за документално обосноваване на междуфирмения заем.