Да, правилно !
При осъществяване на ВОП / без значение колко ВОП-а/ не възникват разчети с ДДС, не се пораждат вземания или задължения по отношение на ДДС. Последващата продажба дори на част от стоката вече се осъществява при условията на ЗДДС като облагаема сделка и в тази връзка  се дължи ДДС при продажбата.

От питането Ви разбирам следното :
1. Вашата фирма осъществява ВОП / двете страни са регистрирани по ЗДДС и двете страни са в ЕС /.
2. Самоначислявате си с Протокол чл.117 ДДС и този протокол участва и в двата дневника по ЗДДС - т.е. не оказва в крайна сметка влияние върху размера на ДДС за периода
3. Продавате тази стока на вътрешен пазар - сделката е облагаема и дължите ДДС при осъществяване на продажбата.

 
Ако продажбата на стоките, за които става дума не е освободена доставка  съгласно ЗДДС или не е продадена като ВОД в страна от ЕС имате ДДС за внасяне.

Това самоначислено ДДС / с Протокол по чл.117 / се отразява и в дневник продажби и в дневник покупки и не води до резултат по отношение на ДДС / разбира се има и специфични случаи / .

Ами специфичното е, че освен 40000 данъчен кредит имате задължение и да си самоначислите 40000 ддс по ВОП. С две думи от ВОП-а данъчния кредит е равен на нула.

 Благодаря за отговора, Ели!
              Интересно ми това, че 100 000*2 = 200 000 данъчна основа +счетоводно 40 000лв данъчен кредит и при моята продажба съм получил 104166,67* данъчна основа +20 833, 33* данъчен дебит. Данъчен кредит 40 000 - Данъчен дебит 20 833,33* =19 166,67* останал Данъчен кредит. Искам да си обясня кое е специфичното тук, че да имам за внасяне?(направих леки промени в сметките  )

Ами не е вярно сметката не е сложна.
Първи ВОП Д-т 4531, К-т 4532 - 20000
Втори ВОП Д-т 4531, К-т 4532 - 20000
Продажба Д-т 411, К-т 4532 - 20833.33

Резултат ДДС за внасяне за месец 07 - 20833.33