Да, това е единият вариант : ЕТ продава стоката и плаща ДДС по фактурата. Това ЕТ може и да се заличи след това.
Другият вариант е "придобиването" на ЕТ от ЕООД. Тогава се сключва договор за правоприемство (мисля, че беше по чл.15 от ТЗ). Активите и пасивите на ЕТ се приемат от ЕООД без да се плаща ДДС за сделката (подава се в НАП един опис - по ЗКПО). В този случай е най-добре ЕТ да се заличи след това. Има много инфо в мрежата по въпроса.