Работник с ТЕЛК

Моля за съвети по следния казус : Преди 3 години е назначен е работник, който има ТЕЛК. При назначаването е пропуснато това и през цялото време са правени удръжки, все едно че няма . Сега иска да напуска и  виждаме грешката. Какво може да се направи?

Давате му служебни бележки за 3 год. и ако искате му изготвяте ГДД .
Подава ги в НАП и му възстановяват данъка.

След три години? А няма ли да има глоби за закъснението?
И как така цели три години работникът не се сети да си търси правата?
А как стои въпроса с удължения отпуск? Или и него сега ще го ползва?