Покриване на загуба от минали години

Ако е ЕООД - става с еднолично решение.
Нещо друго трябва ли? - осчетоводяване на решението

Ако идеята е да се вземе счетоводна операция, за да се покрие загубата с реализираната печалба за минали години, то протоколът е достатъчен.

Не се престаравайте, този протокол не подлежи на публикуване (освен ако не сте сред изключенията в чл. 38, ал. 5 ЗСч), а позоваването на конкретна разпоредба от ТЗ не е задължително.
Достатъчно е да опишете ясно ситуацията, вкл. каква е сумата, с която компенсирате загубите.