Здравейте,
Тъй като не сте цитирали клаузата от договора, по силата на която се начислява гаранцията, може да се направи само приблизителен коментар.
От израза "5% гаранционна сума за добро изпълнение. Тези 5% процента ще ни бъдат върнати след определен период от време..." правя заключение, че удържаната от възложителя гаранция е по-скоро вид предварително задържана неустойка с обезщетителен характер, отколкото поемане на ангажимент за бъдещо гаранционно обслужване.
Ако приемем горното за вярно, то действително фактурата е неправилно издадена.
Не е следвало да се начислява данък върху сумата на удържаната гаранция, защото според чл. 26, ал. 2 от ЗДДС "данъчната основа се определя на базата на всичко, което включва възнаграждението, получено от или дължимо на доставчика във връзка с доставката, от получателя или от друго лице, определено в левове и стотинки, без данъка по този закон. Не се смятат за възнаграждение по доставка всякакви плащания на неустойки и лихви с обезщетителен характер."
По втория въпрос, дали трябва да издавате фактура когато Ви върнат гаранциятя, ако приемем, че тя е вид задържано обезщетение, то отговорът е в чл. 84 от ППЗДДС : " За документирането на неустойките и лихвите с обезщетителен характер не се издава данъчен документ, а същите се документират с издаване на документ, удостоверяващ плащането им."