РА и връщане на ДДС

Здравейте!
Може ли малко помощ? Дружество извършва ремонт на сграда, която по-късно използва за освободени сделки /от година и половина насам/. Използвали сме данъчен кредит по всички доставки досега /знам, че не е трябвало откакто имаме дейност/ и НАП ни го възстановяваха с АПВ, допреди 3-4 месеца, когато започна ревизията.
Имаме РА, с който НАП искат да върнем всичкото ДДС, което ни е било възстановено. Една част е за текущи разходи, друга е ДДС по фактури, които е трябвало да се отнесат като разходи за придобиване на ДМА /с тях ще увелича финансовия резултат за съответната година/. Какво става с това ДДС-то - и по фактурите за текущ разход при приключване на годината и със ДДС-то по фактурите за ДМА?
Надявам се да е написано ясно, за първи път имам такъв случай.

Благодаря!