Ако осигуровките не се внасят през банковата сметка на дружеството, не ги удържате разбира се. Само че ако СОЛът се самоосигурява през дружеството (в окд5 е заявил това), трябва да сметнете данъчната основа като извадите дължимите осигуровки.
Има толкова много теми и писма от НАП по въпроса, прочетете малко, не се опитвайте да налучквате какво да правите.

Не е лошо да се опитате да пишете по-user friendly, ще ме извинявате за английския.
Осигуровките се внасят по ЕГН, ДДФЛ се внася по ЕИК на фирмата, намира място в Д6 за съответния месец.
Аз лично удържам осигуровките от възнаграждението (струва ми се безсмислено да минават през разчети в този случай)
 и осчетоводявам по 602, много е вероятно по 604 да е по-правилно.
Д1 е със съответния код за СОЛ, който подавате и без да има възнаграждение.

Осигуровките по ДУ се дължат поне върху МОД за код 1 по съответната икономическа дейност. Самото възнаграждение може да е и 1 лев

В КСО или в Наредбата. Може и на двете.

Да, ще се доизплатят

По този начин, с код 8 декларирате ДДФЛ за изплатени през януари заплати.

Уведомление за прекратяване (предполагам по чл. 62) е различно нещо от заповедта.
Принципно не можете да прекратите договора, преди да се сте го уведомили. Ако не можете да връчите лично или ако откаже да разпише - пред свидетели, в заповедта, изпратена по пощата се пише "считано от датата на получаване".
За дните, когато не е бил на работа - самоотлъчка, документирана както е политиката на фирмата, но да има поне 2ма свидетели (за по-сигурно)

наемът не е осигурителен доход

Дали оправиха вече грешката? Че се чудя дали да подавам

Тази ведомост нали я осчетоводявате в програмата си? Сторнирате задълженията в повече (или преосчетоводявате начисленията с правилните цифри) и като осчетоводите плащанията ще се равнят салдата.

Първа точка - защо се натрупва сума, която не отговаря на действителността? И кое е по-голямото - наличността или документалната сума (предполагам второто)?

Ти пък!

Скритото разпределение не служеше в този случай?

Досега къде са били осчетоводени като надвнесени?

Ако не е крайно фатално, просто изместете датата на постъпване на 16ти.

Имаме си пример от шефа на НАП. Там се казва: заплатите за февруари са изплатени на 10 март и на 14 март. Д6 се подава до 25/03 в една колона: месец 02/2016, вид на плащане 5 и долу датата е 31/03.
Не ни остава никакво място за интерпретации мисля

По-скоро някакъв бъг.
Какво изписва като грешка?

Не че нещо, но ако нямате много силна "подплата" бих посъветвала работодателя да намери друг член за освобождаване.

Аз бих го начислила в 2015

Не правете глупости.
Наемателят да се оправя.
Поискайте да ви издаде СБ, най-малкото за август и септ е бил задължен да удържи. Като ви откаже, подавате си декларацията без СБ и когато ви повикат от НАП, давате контактите му за връзка и да си го търсят.

Напишете пълния член, по който е сключен договорът