Стоката получена ли е от Вас? Заприходена ли е? Продадена или налична в склада?
Ако "да" - едва ли ще имате (сериозни) проблеми.
В противен случай проверяващите могат да решат, че сте укрили оборот (печалба и ДДС) и да Ви накарат да платите за това

ЗДДС,  чл.116, ал.4

 трябва да се уточнят с тях как да подадат болничния без сметка и да не им го връщат като некоректен .

Някой получавал ли е такова "уточнение" с въдможност за приемане на болничен без сметка?
Преди време се допитах до тях за един тридневен болничен и... човекът си откри сметка

Аз бих поискала декларация от работника, че няма банкова сметка и във връзка с болничен номер... не желае да открива такава. Със задължителен текст "уведомен съм, че без декларирана банкова сметка обезщетението от НОИ няма за бъде изплатено"
Е, ако болничния е за три дни, не бих се формализирала толкова

Щом намирате истината там - може.
Макар че при Вас основанието за осигуряване е само едно, поне текстът "осигурителните вноски се внасят върху сбора от осигурителните им доходи" може да Ви свърши работа.

В т.5 на ал. 3, чл 4 от КСО се включват лицата, които полагат труд без трудово правоотношение и получават месечно възнаграждение, равно или над една минимална работна заплата.
"Месечно възнаграждение" очевидно е цялото, сумарното възнаграждение, което се получава за месеца по всичките извънтрудови правоотношения
Някъде по законите има ли "сбора от начислените при един възложител"? - не, няма подобен текст. Месечтото възнаграждение по извънтрудови правоотношения, което се третира по чл.4, ал.3, т.5 може да е по ГД и при различни възложители. Когато през месеца има ГД само при един възложител, нещата са много по-лесни - този възложител е наясно с месечното (общо) възнаграждение, което получава лицето по извънтрудово правоотношение

Извинете, разбрах че по януарския ГД добавката е платена през м.02, а Вие сте казали, че ще се плати заедно с майския ГД, т.е. през м.06. Това не променя нещата по същество.
Не разбирам само как нещо, платено за ГД от м.01 ще е начислено като полагащо се за м. февруари? Нали работата по ГД е започнала (датата на сключване на ГД) през януари и е приключила (дата на приемани на работа или услугата) през м.01. Защото допълнителното възнаграждение (обезщетение, неустойка или каквото е) да се начислява за месец извън периода на ГД?

1. Опция "само по втория" няма. Или по двата, или по нито един. При така посочените числа ми се струва, че сумата от двете възнаграждения минус НПР ще е под МРЗ. Изводът си направете сам
2. Определящ при опцията "осигурен на друго основание" е месецът, за който се отнася възнаграждението. Месецът, през които е положен труда.
Не разбирам защо набърквате ГД от м.май с този от м.януари? Нали са различни ГД и са в различни месеци?
Колкото до ГД от януари с добавката, платена през февруари, при второто плащане правите преизчисление и ако общата сума е над МРЗ начислявате и внасяте осигуровки и подавате Д1 и Д6 за м.януари. ГД за м.май си е отделно

Може.
Ако тези ТД не са в неговото ЕООД, разбира се. Е, и в неговото може, но ако има друг управител.

Иначе: не пречи на лице, работещо по два ТД общо 12 часа дневно, да си регистрира ЕООД и да полага труд в него като СОЛ. Стига да имя физическа възможност и някой от трудовите договори да не забранява самостоятелна стопанска дейност.

Не разбирам какво Ви притеснява, че фактурите са две и че едната от тях е сборна? След като за покупката на 19.05. вече е издадена фактура, защо тя да се включва в сборната фактура или да "отпада"?
А ако имахте три сборни фактури от различни дати плюс още пет "единични" от същия доставчик, коя от тях щяхте да изхвърлите или непризнаете?
Къде точно виждате проблем?

Да добавя, че фактурата е ръчно писана, от кочан.

Като е от кочан, липсва ли й нещо? Или не признавате "ръчните" фактури?

Защо не?

Чл.113, ал.13 не Ви ли върши работа?

Вижте си настройките на програмата

Какво имате предвид под "един куп осигуровки повече"? Не се ли добавят само тези на "Управителя"?

Те и на управителя не са малко, но и за шофьора на ТД и втора категория труд осигуровките са повече, отколкото на СОЛ. И като процент, и като осигурителен доход.

А какви биха били условностите и минималния брой длъжности?

Имах предвид разните ръководители и др.подобни, но явно вече си ги имате.

Ако се промени на ООД и има двама съдружника, от които единият шофьор, а другият управител, шофьорът пак ли ще е трета категория труд?

Ако шофьорът работи само по ТД и длъжността е за втора категория - така ще трябва да се осигурява.
Ако шофира като работещ собственик (съдружник), осигуряващ се като СОЛ, то ще е трета категория. Наистина работата е една и съща, но позицията, от която се упражнява е различна (и осигуряването е различно)

Според нашето законодателство излиза, че ако правиш нещо за себе си, си ощетен отвсякъде, което е нелепо (лирично отклонение)!

Така излиза. Много по-удобно е да си работник, отколкото собственик - и отговорностите са по-малко, и правата са повече, и парите - сигурни, и няма много желаещи да те изместят от работното място... Абе диктатура на пролетариата...
Извинявам се за (не дотам) лиричното отклонение. 

Може да назначи друг управител и да го впише в ТР, а самият собственик да не е управител и да работи само по ТД. И един куп осигуровки повече
И всичките условности и минимален брой длъжности за транспортна фирма.

Датата, от която е спрял да упражнява дейност във фирмата

Вижте указанията към Д1 в Наредба Н13
2200 се попълва за лица без работно време (СОЛ и др.)
При ТД на 8 часа се попълва 2288.
За останалите - прочетете от източника

Зависи как се плаща. Ако е по сметката на фирмата, по-удобно е да се начисляват. Ако има личен труд - също. Иначе - както Ви е решите.

И не се прехвърлят салда, а разчети

И стига да е съобразен с чл. 68, ал. 3 и 4

Евентуално 7111?
Нали проектира, а не изпълнява (реализилра) инвестиционни проекти