Този бонус с постоянен характер ли е?
Ако "да" - влиза в базата

Не става,  но може да опитате със заявление до НАП

Чл. 71 наистина е добър, но прилагането му една седмица след смяната на длъжността най-вероятно ще предизвика проверка от страна на НОИ. Вярно, проверката не е страшна когато нещата са изпипани, но е разправия за работодателя и забавяне на обезщетението за безработица. От НОИ отдавна знаят всичките "номера" за "благоприятно" прекратяване на ТД и са много чувствителни 
За "безпроблемен" чл. 71 трябва поне месец, месец и нещо

Не става ли
Дт 4532 - 2000
КТ 4531 - (-3000)
КТ 4539 - 5000
?

Тоест разлика между напускане по взаимно съгласие и освобождаване на служител, поради съкращаване на щатна бройка за работодателя няма,

Има разлика за работодателя и то не малка. При напускане по взаимно съгласие Ви дължи само обезщетение за неползван отпуск (ако има такъв). При съкращаване на щата Ви дължи обезщетение за 1 месец оставане без работа (една заплата плюс осигуровки)

Не може. Щом има един ТД, при Вас не може пак да е основен.
Друг въпрос е, че ако имате декларация, че ва основния ТД е в отпуск, може да го назначите на 8 часа. Основание: чл. 111 във връзка с... ( чл.67, ал.1, т.1 или каквото искате)

Отпускът не се ли изчисляваше на базата на последния предходен с поне десет отработени дни?

Така е. И изискването е за "поне десет отработени дни", а не за 10 дни трудов или осигурителен стаж.
Пример: Лице работи на 8 часа до м.05 вкл. През м.06 минава на 2 часа, като е отработил всичките 22 работни дни. През м. 07 излиза в отпуск, като ще ползва 5 дни от 2022 и  10 за 2023. Платения отпуск се изчислява от заплатата за м.06. И толкоз. Ако е искал по-добро заплащане, да е  ползвал отпуск през м.06 или преди това.

Нали фирмата Ви няма дейност? Ремонтът на помещението не е ли дейност?

Прочетете внимателно чл.4, ал.3 от  КСО.  Прочетете наредбата за общественото осигуряване на СОЛ. Прочетете и текста на декларация ОКД5.
Всъщност Вие нямате ли счетоводител? Или сте счетоводител?!?

просто да се подаде декларация за спиране на осигуряването ли?

Че какво друго?

Може да регистрирате фирма. Може да се регистрирате като упражняващ свободна професия. Регистрацията е в Регистър БУЛСТАТ (за София - ул. "Елисавета Багряна"). Носите лична карта и копие от диплома или друг документ за упражняваната дейност,  попълва се заявление на място,  таксата (десетина лева) може да се плати с карта. Става за 15 мин.
Ако чуждестранната компания е от ЕС, вероятно ще трябва да се регистрирате по ДДС преди първото плащане.

  правили някакво преизчисление на таксите по пос терминал и въстановявали някакви суми

Защо решихте, че е приход? Очевидно е намаление на таксите. Щом не е ясно точно за кой месец е, намалявате общата сума на разходите за банкови такси към настоящия момент.
Банките "дават" пари  в няколко случая - лихви, надвнесени (удържани в повече) такси, грешно преведени суми.

Тези фирми нали са на един собственик? Защо не са си договорили "по-удобни" дати?
Какво пречи да си ги (пре)договорят сега?

Щом е втори - на основание чл.111, във връзка с чл.67/1/1 и чл.70

на отработени дни какво посочвам? Броя работни дни за съответния месец?

Естествено. Е, съобразявате си и с датите за намало и край осигуряване, разбира се

Също така ще ми позволи ли системата да подам декларациите за март, април и май?

С код 14 - да. Прочетете внимателно указанието за попълване на Д6 в наредбата, за да не объркате датите в т.18

Кога е приета работата или услугата по ГД (кога е приключил ГД)? Ако е на 30.06, то:
- до 25.07. подавате 4 броя Д1 - за м.03, 04, 05 и 06. В първата има начало на осигуряване, в последната - край. Във всяка Д1 по 1/4 от осиг.доход. Код осигурен -14
- едновременно с Д1 подавате и 4 броя (колони) Д6 с осигуровките.
- не се подава Д6 за данъка.
- до 31.07 подавате Д55 за данъка

Ето това указание имах предвид

Нямаше ли някакво указанието осиг.стаж при непълно работно време да се вписва в УП3 само в часове. Или в р.д.и часове.
Не помня дали се отнасяше за период от... до сега, или за всички периоди при издаване на УП3 сега.
За съжаление не мога да проверя.
Вижте последното указание към УП3 и сайта на НОИ

Здравейте, имам питане.
 Собственик на ЕООД ,работи и е назначен  по ТД  на длъжност различна от управител,....

Този собственик управител ли е на ЕООД-то си или има друг управител,  вписан в ТР?

И отново внимателно разгледайте справката за направените плащания и погасените с тях задължения по съответния фонд.  Не само от предходния месец, а доста по-назад. Докато откриете разминаване.
Както описвате нещата, проблемът най-вероянто е там