И двете Д1 (заличаващата и новата) - в един файл. Подавате заедно с Д6 с увеличението.
За данъка: щом плащате цялата сума през м. 09.(което е нормално), данъкът е вътху цялата сума и е за м.09. В Д6 - за м.09., дата на начисляване/плащане 30.09., срок на попаване от 01.10.до 25.10.
При прекратяване на договора по чл.325, ал.1, т. 3, 4 или 5 не се пише "по инициатива на работодателя", а "поради изтичане срока на договора", "поради завършване на определената работа" или "поради завръщане на титуляра" (според случая). Това за инициативата е важно при прекратяване на договора по чл.71 (в изпитателния срок).
Прекратяването на ТД по чл.325, ал.1, т.3, 4 или 5 НЕ ограничава обезщетението до минималното и МОЖЕ да се ползва "пълна борса". Важното е между двата договора да не се регистрирате като безработна.
Напоследък зачестиха проверките от НОИ на работодатели, прекратили ТД  по чл.71 след няколко дневна работа. Не зная дали проверяват и при чл.325/1/3 и 4. Всичките тези основания си личат от пръв поглед, че са нагласени, но СА ЗАКОННИ и ако всички документи (договор, заповед, уведомления към НАП, ведомости за заплати, Д1, отчитане на присъствия и т.н.) са оформени както трябва - няма никакъв проблем.

ПП Не зная дали наистина работодателят е казал, или Вие се плашите като видите чл.325, но ограничението на КСО се отнася САМО за т.1 (взаимно съгласие), а не за останалите точки. В заповедта и в трудовата книжка освен члена, задължително се вписва и точката.
Хайде уточните си:
- дали този горд собственик  работи и в двете дружества, някое от тях или в нито едно
- ако работи, на какво основание полага труд - ТД, ДУ, личен труд, всякакъв вид труд като СОЛ, комбинация от предходните
- ако се самоосигурява- чрез кое дружество то прави.

След това прочетете наредбата за осигурявавето на СОЛ и една декларация обр. ОКД5 и обърнете внимание, че се подава И за начало на дейност.
За Д1 при  СОЛ, осигурен другаде на максимума, можете да погледнете в наредба Н-8 и в указанията към Д1. Ясно е описано. Вариантите най-общо са три - с ОЗМ, без ОЗМ и със заплащане на личния труд.
1. Нямам достъп до наредба н-8, но защо  Д6 е с код 6?
2. След като плащате през м.08., Д6 с код 8 трябва да е ЗА м.08. , дата в т.18 31.08.2018 и се подава МЕЖДУ 01.09. и 25.09.2018. Независимо дали служителя  напуска или не.

Погледнете наредбата. Там много точно и ясно е описано кога какви дати се попълват  и кога се подават декларациите. Не си правете всевъзможни комбинации, опитвайки се да налучкате вярната.
Щом няма 3 години - минимално обезщетение, независимо от основанието за прекратяване на трудовото правоотношение.
Ако отговаряте на останалите изисквания за отпускане на обезщетение, разбира се.
За Ваше успокоение: минимумът вече е по 9 лева на ден.
защото обезщетението тепърва трябва да бъде изчислено, а то е на база предходен работодател. Интересно, от кога базата е такава?

След като "чак" на 27.08. започвате работа, защо не се регистрирахте в НОИ вчера или днес?
А Вие как бихте постъпили-няма присъствие,няма документ за отсъствие?От 07.07. до 31.07.2018 г. какъв е по Д1-болничен,неплатен,платен?
Ами как - ще се обадя, ще разговарям с човека, ще се разберем...

А за Д1 бих постъпила както Ви каза marpan_64  Днес в 12:10 - като неплатен. После е много по-лесно за корекция.

Ако искате "сигурност" накарайте го да си пусне и една молба за неплатен
В началото на септември, когато бъде представен болничният лист с дата на издаване също септември 2018 г., но с начало на нетрудоспособността 07.07.2018 г., ще може ли корекция на Д1 тогава?

Ще може. Казах Ви вече. Срокът за корекция е до 30 април догодина. Погледнете Наредба Н-8, чл. 6а, ал.5.

Щом знаете, че ще има болничен, защо искате да посочите прекратяване на осигуряването? Нали после пак ще трябва да коригиране?
За Д1 срока за корекция е по-дълъг. А Д6 няма да коригирате, а ще подадере редовна само с увеличението.
Не,  не се включва времето, през което сте били на борсата, защото за това време не се дължат имне се внасят осигуровки за безработица.
Проблемът е, ако може така да се каже,  е че работодателят ми направи услуга, като ме назначи на работа и сега искаме да прекратим така взаимоотношения си, че да мога да "отида"на борсата по труда. Единственият вариант, за който се сетих е този със съкращение на щата, но мисля че ще му създам доста главоболия, така че има ли други варианти, за които да ме посъветвате.
Колко време работихте преди да излезете с болничен? Ако е до 6 месеца - вижте нещо по чл.70 и 71. Докато още не са го отрязали
Какво "неплатено майчинство"?
Абе мързи ме да пиша:)
Неплатен отпуск за гледане на дете до 2 год
ишна възраст (или каквато е там точната формулировка)

ПП И тази до 8 год - също. ;)
Ще имате право. Срокът е според осиг.стаж от 2002 г. насам (чл.54в от КСО, ако не бъркам). Размера - 60% от средния осиг.доход 24 месеца назад. За периода на болнични и платеното майчинство  се взема дохода, от който са изчислени. За периода на неплатеното майчинство се взема мин.работна заплата .
За защитата Марпан Ви е казала.
Не се пише нищо за това обезщетение, защото не се знае дали ще се дължи. Като мине месеца, от НОИ ще му напомнят да си го потърси.
би трябвало новите работодатели да ме назначат по чл.68,ал.1, т.1  и след приключване на работата да ме освободят по чл.325, ал.1, т.3.
Щом е за определена работа и след като не е ясен срока на завършване, по-добре е да Ви назначат по чл. 68, ал.1, т.2 и да прекатят договора по чл. 325, ал.1 ,т.4 със завършване на работата. 
Пак ще е "пълна" борса.
От 2017 със сигурност няма осиг.книжки не само за ДУ, но и за СОЛ.
Нищо (в смисъл осиг.книжка, трудова книжка, УП...) не издавате. Трябва само сл.бележка за дохода и удържания данък .