Първо - не всяка работа може да се върши по ГД. При ГД не трябва да има работно време и работно място. Това не е твой проблем, а проблем на работодателя/възложителя.
Други разлики: при ГД няма отпуски, няма болнични, дохода не се зачита при определяне на болнични и майчинство. Зачита се само като доход при пенсиониране. Тъй като работите и по ТД, то по ГД ще се удържат и внасят осигуровки. Осигуровките са малко по-ниски от тези по ТД /няма осигуровки за болнични и за безработица/. Делят се между изпълнител и възложител както при ТД. За разлика от ТД, при ГД осигуровките не са върхи цялото възнаграждение, а върху 75% от него. Няма минимален праг. Когато имаш доход от ГД, след края на годината трябва да подадеш данъчна декларация, като най-вероятно няма да внасяш допълнително данък. Данъка по ГД се удържа при плащането.
При ГД от еднаква договорено възнаграждение, би следвало да получиш малко по-висока чиста сума, огколкото по ТД. ГД е по-евтино за работодателя. Стига да е възможно да се приложи. Ти губиш този доход при пресмятане на болнични и майчинство. По ГД няма и "клас"

СИС я издавам с датата на плащането.

Добре е да преосмислите сроковете за деклариране на доходите по ГД /Д1, Д6, евентуално Д55/. Не е много добре да слагате каруцата пред коня.
Само един пример: лице по ГД  през м.06 за 500 лв., платени на 05.08. Подавате Д1 с осиг.доход 500-НПР на 20.07. На 05.08, попълвайки СИС, лицето декларира, че за м.07 е осигурено другаде на 2600. Какво ще правите?

Е, не точно така :-)
"Обявен в несъстоятелност" значи, че е имало производство по несъстоятелност, завършило с решение за обявяване на несъстоятелност.
Когато дадена фирма е фалирала, имаме "обявен във фалит"
Когато имате запор, най-вероятно имате "задължения по влезли в сила постановления"или "задължения по изпълнителни производства".

След приемане на информацията ,електронната система връща съобщение : „Не може да бъде приета декларация на осигурено лице с прекратена рагистрация.

Договорът е прекратен автоматично! Вижте в НАП от коя дата е, защото не е от 01.07., както сте го прекратили вие.

Върху обезщетението по чл.224 има само данък и  може да се изготви Д1

И какво ще се посочи в тази Д1? Само данъка?

Ако сте обявен в несъстоярелност, сигурно щяхте да знаете това. Запорът не значи несъстоятелност.

И главница и лихва по същия код
Може с едно платежно да преведете задължението + лихвата

След като сменяш кода на вид осигурен, първо подаваш заличаване на старата Д1 и после нова редовна.

Днес взех консултация на място в НАП и ми отговориха, че трябва да мине по ДУК,дори след време при заверяване на стажа може да се наложат корекции за този период,през който е бил на ТД.Така че, сега ще пусна прекратяване на трудовия договор и ще мине по ДУК.

Не съм сигурна, че "трябва" да мине на ДУК. Възможно е, но не е задължително. Все пак бих предпочела СОЛ пред ДУК - по-евтино е и е по-гъвкаво. Това зависи от решението на общото събрание на съдружниците, а не от НАП или от счетоводителя.
Не съм убедена и че ще се наложат корекции за времето по ТД.

Стажа в чужбина не се признава при определяне на майчинството. Вижте КСО, някъде около чл.49.

Значи имате един съдружник - управител и друг съдружник, който няма право да управлява.  И съдружника-управител работи в същото ООД на трудов договор.
Възникват следните въпроси: Кой е сключил този ТД от страната на работодателя, след като другия няма право да управлява и представлява фирмата? Ако ТД не е за длъжност Управител, как ще се осигурява съдружника-управител за управленската си дейност - СОЛ, ДУК? Какво всъщност върши този човек във фирмата? Има ли други работници?
Ако си отговорите на тези въпроси, предполагам че ще стигнете до извода, че в случая ТД не е много издържан, че въпросния човек трябва да се осигурява поне като СОЛ и спокойно да си върши всичко във фирмата /и управление и други дейности/. Възможно е ДУК за управлението + СОЛ за другата дейност.
А може би има и други решения...

Оборотна ведомост, главна книга, касова книга, инвентарна книга, САП, ДАП, документи за складовите наличности, ....
Ведомости за заплати
Дневници по ДДС
....

Най-добре попитайте новата счетоводна кантора какво точно ще искат.
Тук можем само да дадем някакви насоки, които със сигурност са известни на стария Ви счетоводител.

Чл. 55. (1) Предприятията и самоосигуряващите се лица - платци на доходи, задължени да удържат и внасят данъци по реда на този закон, подават декларация по образец за дължимите данъци

Не е ли ясно? Или аз пропускам нещо?

Упрасителят, ако е нс ТД и в длъжностната му характеристика е включено да продава, може да го прави. Само дето осигуровките са като за управител. Освен това управителят ще се разпорежда с банковите сметки на фирмата, ще назначава и уволнява работници, ще преговаря с клиенти и доставчици, ще сключва договори.... За Вас остава само получаването на дивидент. Ако остане печалба, разбира се.
Колкото до служител на граждански договор - често е невъзможно. При продавач в магазин - абсолютно недопустимо.

След като имате намерение да започвате дейност, сключете си договор със счетоводител и го помолете да Ви обясни с примери и цифри кое колко "струва" и какви могат да бъдат евентуалните глоби. Аз поддържам идеята за работник + СОЛ.

Зависи от основанията.
В повечето случаи е по-добре да се прекрати стария и да се пусне нов ТД

От друга страна - няма начин да е заверена осиг.книжка за 200 - 2012 без да има подадена ОКД5. Статуса на осигуряване е първото, което проверяват при заверката. Трябва да имате печат на последната страница на осиг.книжка за датата на регистрация.

Добре е да си подадете Д1 и Д6 за заплатите, а после двете Д1 и Д6 за м.07 и 08 за обезщетението. Д1 и Д6 за обезщетението се подават едва след като срокът за обезщетяване е изтекъл, лицето е потърсило обезщетението, обезщетението е начислено и платено. Ако човекът си е потърсил обезщетението след 06.08. и преди 25.08, то можете да включите юлската част към Д6 за осигуровките  и втората Д1 с код за обезщетението към декларациите по заплатите за м.07.
Данъка по обезщетението се включва в Д6 с код 8 за съответния месец според плащането

Фирмата, издател на фактурата не си ли е потърсила плащането толкова години?!?

И аз това се чудя.
От друга страна питащия казва, че има фактура, но не казва дали има доставка или не.... Тези материали доставени ли са, кога са доставени, са заприходени, вложени ли са...?
Иначе няма пречка да се включат в дневниците без право на ДК.

Означава ли това, че при регистрация като самоосигуряващо се лице сумата на осигуровките ще бъде по-ниска?

Ако лицето е пенсионер по болест може да избира за какви рискове ще се осигурява: само здравно; здравно и за пенсия, здравно, за пенсия и за общо заболяване и майчинство.
Ако не е пенсионер - при осигуряването ТЕЛКа няма значение. Вариантът "само здравно" отпада.

Само една Д1. Отбелязвате периодите в осигуряване и без осигуряване.
Не подаване Д1 с код 28, защото в дните, през които не е работил не е бил в какъвто и да е отпуск.