За трите дни болничен като ЗП трябва да внесете и здравни осигуровки върху 420:21*3*4.8%. Може и да бъркам - вижте ЗЗО.
Освен това - трябва да вземете и втори болничен лист за ЗП и да го представите в НОИ. Ако се представи болничен само от работодателя, той няма да бъде платен.

Как се осчетоводява липсваща касова наличност, която е разлика между официалното възнаграждение на персонала и обичайното за съответния вид дейност

Като изплатен дивидент на собственика. Вкл. и данък. Вкл и отчитане на ограничението за плащане в брой.
Щом плаща "под масата", да го прави със собствените си пари.

ПП Само не казвайте, че нямате неразпределена печалба, след като имате "икономии" от заплати.

Д1 и Д6 се подават ЗА всеки месец, но след като се плати.

Която си наречете. Напр. 101, 497... Ако искате можете да й сложите и момер 5. Сметкопланът е индивидуален.
Важното е по нея да водите разчетите /задължения и вземания/ със собственика.


ПП След като сте избрали облагане с признаване на НПР, защо въобще водите двустранно счетоводство?

Или нещо не сте разбрали, или счетоводителсата Ви бърка. Как ще "изписва" пари /пари в брой!/ от касата към сметка "неразпределени печалби от минали години" /разчет/?  Да не бърка ЗП с разпределянето/изписването/ на дивиденти?
Първо да направи анализ от къде са се натрупали парите в касата. "От банката" не е най-верния отговор. Ако през годините е плащан данък върху дохода, какво е станало с обложените средства? а) Отчетени са като печалба от текущата година? - тогава да се прехвърлят в сметката на собственика, защото след облагането са си НЕГОВИ ЛИЧНИ средства. б)Отчетени са като печалба от текущата година, а после са отнесени като неразпределена печалба? - пак същото  - праща ги в сметката на собственика. в) оставени са като пари в касата? - тогава минава през т.а) и всичко пак в сметката на собственика. Накрая взема пари от касата и плаща на собственика всичко, което му дължи по разчет. Понеже парите са си на човека, няма ограничение за плащането в брой.
Анализилайте нещата според документите и ГДД. Вижте къде какво е пропуснато и направете нужните корекции. От тук с нищо повече не можем да Ви помогнем.

Прегледах и по-старата Ви тема. Видях, че съл дала същите съвети. И не само аз.
http://www.kik-info.com/forum/index.php/topic,16642.msg99969.html#msg99969
Похвално е желанието Ви да поемете счетоводството на семейството, но трябва  повече четене.

Ако не е крайно фатално, просто изместете датата на постъпване на 16ти.

В пpотивен случай нещата стават сложни. Не ноже по едно и също време да е работил на две места. Нито да има 16 часов работен ден. Дори на първото работно място последния ден да е ползвал отпуск, ще се окаже, че е тpябвало Вашият ТД да е сключен като допълнителен /втори/ ТД.

Има нещо в цялата работа, което не мога да разбера  - защо тези пари, след като са обложени с данък не са прехвърлени в разчет със собственика /ЗП/, а са оставени като неразпределена печалба или каквото е друго? Защо това не е направено навреме от предходната счетоводителка? Или защо не се направи сега? Не мога да разбера и сегашната Ви счетоводителка - първо : защо ще прехвърля сумата в  с-ка Неразпределени печалби от минали години? И второ: ако го пpави, защо ще го прави на части?

ПП Не мога да Ви дам конкретен отговор, защото нямам никакво понятие как стоят конкретните неща при Вас. Давам Ви само тема за размисъл.

ако бъде сключен граждански договор с предмет годишно приключване които да е със срок от 01.01.2016 до 31.03.2016 ще бъдат ли спазени изискванията на търговския закон и на закона за счетоводството за водене на счетоводство   - да.
Може ли да се отчете като прикрит трудов договор, граждански договор за сч. обслужване с период от 01.01.2015 до 31.12.2015 - може да се отчете, може и да не се отчете, а може да се отчете и като дейност по занятие, която да изисква регистрация като търговец или поне като свободна професия. Зависи как е формулиран договора и кой го чете.
За ГД трябва да има определен резултат, който да се постигне в определен срок.

Значи като подадох Д6 за януари с дата 29.02.2016 ми я отхвърли. Подадох я с дата 25.02.2016 и отново същото - трябвало да е последния ден от месеца, за който се отнася. Нещо не е съвсем наред. Подадох я с дата 31.01.2016 и ми я прие. Мисля, че с дата 29.02.2016 беше правилното отразяване съгласно промените от 2016, но нещо не е , както трябва...

Това за осигуровките иил за данъка?
Аз подадох Д6 за осигуровките за м.01.2016 /месец 1.2016 в т.9/ и дата 29.02.2016 в т.18 и декларацията е приета още на 11.02.2016

Няма определен срок.
Напомнете на работодателя, че при такова прекратяване на ТД ще дължи обезщетение /и осигуровки!/ по чл. 222, ал.1.

Срокът е докато се увеличи работата

_{Ако правите това само за по-висока борса - изберете по-евтин вариант}

Не. Поне не като ЗП. Нали не се осигурявате за общо заболяване и майчинство /високия процент/.
Ако работите другаде по трудов договор - там може.

Няма пречка

така ли е осчетоводяването:
609/501
123/609

Е, не трябва ли да минете през гр.61?

За данъка - да

631/20*(12+3)=473,25, което по МОД

Принципът е "осигуровки върху по-голямото от БРЗ или МОД". МОД за целия период, а не само за трите дни. Т.е. - няма вариант БРЗ за отработените дни + МОД за трите дни :-)

Колкото до заплатата - плащате БРЗ с приспаднато лични осигуровки върху МОД и данък само върху частта за отработените дни. Трите дни от работодател са без данък.

А данъка начислен в януари ,заплатите платени февруари в Д 6 горе се пише 2 а доло 29.02.2016,така ли е.

Не.
Ако става въпрос за заплатите за м.01, горе се пише 'за м.01.2016', долу 29.02.2016

Да, осигурителния доход не трябва да пада под МОД за 15 дни /за 12 отработени + 3 от работодател/.Това е често срещано явление при заплати равни или близки до МОД.
БРЗ се пресмята по начина, по който сте посочили. Без да проверявам сметките.

Най-общо: приспадате 455 лв /колкото е по справката/ и внасяте данък върху останалото

С едно съм съгласна: "В много  от случаите администрирането /и проверката/ е многократно по-скъпо от размера на внесения данък".