За времето, през което е бил по ТД - да си иска СИС от възложителя
За времето, през което е бил СОЛ - той е бил длъжен да издава документ за придобития доход.
Да си оправи нещата докато все още има някакъв шанс да може.

тоест вписват се само доходите по ГД за 7-8-9-10 месец

Вписват се доходите, придобити в качеството му на СОЛ за месеците, през които е бил СОЛ.
Разбирайте го както искате.

Когато е платено по този ГД не е ли отчетено, че през част от месеците е бил СОЛ, а през друга - осигурен на друго основание?
За времето с ТД+ГД е трябвало да се издаде СИС и да се внесат осигуровки /от възложител и изпълнител/. За времето СОЛ+ГД СОЛът е трябвало да издаде документ с реквизитите на фактура. Само тази част от дохода по ГД има място в таблицата за осиг.доход

Вижте "Образец 2004 Справка за окончателния размер на осиг.доход за текущата година "
В Част III трябва дасте отметнали, че ще я продавате

В самото приложение 3 нямаше ли ред за авансово внесения данък?

Само по чл. 97а ли сте регистрирани?

Всеки от двамата декларира по 1/2 от дохода от продажбата, намален с 1/2 от стойността на придобиване на имота. Т.е. - половината печалба

Сега вече няма.
За в бъдеще  е добре да си направи някаква регистрация /занаятчия, свободна професия, ЕООД, евентуално ЕТ/

От къде взехте тези данни? Нали целият м.07 сте били в болничен? За каква брутна заплата става въпрос?

Да я пази - колко да я пази?
Пишете едно искане до ИТ за разрешение за освобождаване поради закриване на щата. Описвате ситуацията. Добре е да приложите писмен отказ на работничката за преминаването на друга длъжност. Току виж Ви издали разрешение

 ТК се издава от работодателя в два случая: постъпване на работа за първи път ( след декларация от работника) и при изчерпване страниците на предходната ТК.
Това, че книжката на работника е някъде си, не е основание за издаване на нова.

2.И физическото лице няма да реализира печалба, съответно няма задължение за данък по ЗДДФЛ и съответно не дължи осигуровки?

Очебидно стоките, които ФЛ  "продава" на ЕООД не са лични вещи и продажбата ми прилича на "стопанска дейност на физическо лице, което е търговец по смисъла на Търговския закон, но не е регистрирано като едноличен търговец" /ЗДДФЛ, чл. 26, ал.7/ Ако има документ за придобиване на стоките за определена цена и продаде на същата цена, то може и да няма печалба, но по чл. 4, ал.3, т.2 от КСО дължи осигуровки

Опитайте, проверете  и споделете резултата

Заплатата за месеца с използван болничен е редуцирана със съответните дни. Във фиша е отбелязана сумата. За следващия месец е нормална, тоест, тези два дни не са включени

Обърнете се за справка към работодателя си или към обслужващия го счетоводител. Тук не сме гадатели
Ако предоставите всички данни, посочени във фиша, може и да получите някакъв отговор

За тази година трябва ли да се попълва ГДД , като ЕТ е замразено и няма други доходи ? - не

Д6 не коригирате - увеличението се подава като редовни данни

Щом е в увеличение - да. Проблемът обаче е в справката по чл.73/6. Нея вече не може да коригирате.
Аз не бих правила корекция та Д6 (и на 73/6). Човекът да си довнесе данък с ГДД.

Може. С обезщетение.
КТ, чл. 220, ал.2

Не става въпрос дали ще ми натежи, а за това, че тези правила се определят за конкретно предприятие "Вътрешни правила на еди си кое предприятие". Ако например нямам намерение да се полага нощен труд, защо да го упоменавам, или нещо друго е малко вероятно да се случи? Ако се прави "по принцип", значи трябва да се опишат всички членове от Кодекса и Наредбата.

Това, което е малко вероятно, може само да е маркирано. Напр. "За нощния труд и труда в почивни и празнични дни се полага допълнително възнаграждение в размер на минималните ставки или 120%... от минималните ставки, посочени в КТ, наредба еди коя си..."
Това, което е важно за предприятието разписвате надълго и на широко. Напр. случаите, в които се признава ТСПО - освен определенията от наредбата задължително описвате какво точно признавате за "същата или сходна длъжност" /дори прилагате списък за сходните на длъжностите във Вашето предприятие/, посочвате дали признавате стажа на друга длъжност във същото предприятие /май е задължително/, дели ще признавате общия стаж и т.н. При наличие на работници от други вероизповедания - посочете правото им на отпуск за техните празници. И т.н.
Индивидуализирането на правилата не означава да изключите неща, които макар и малко са вероятни. Можете за пропуснете само тези, които не са свързани с дейността Ви - както казах за научните степени, евентуално за СИРВ, за работа на смени и т.н.
В края на краищата Вътрешните правила за РЗ все пак могат да се променят при нужда, нали

Толкова ли много ще Ви натежи да го запишете? Особено по цитираните т. 3 и 4. Смятате ли, че не е възможно утре да наемете лице, което е работило на същата длъжност в ЕС или е било ЕТ със същия предмет на дейност
Е, може да си спестите допълнителните възнаграждения за научна степен, ако не смятате да наемате доктори на науките