За коя ГДД става въпрос?
В тази по чл.92 от ЗКПО не е задължителво да се попълва приложение. Съобщението е само напомняне и ГДД се подава въпреки съобщението
Ако е по чл.50 от ЗДДФЛ,  няма смисъл да се позава без приложение  (и тук има отметка за ГОД )

Споко бе. Начислявайте  си ги, щом са минали по банка. Няма значение през коя година ще ги начислите. Аз бих го направила с датата на подаване на ГДД и/или Д6-13.

Предполагам знаете, че осигуровките на собственика не са разход за фирмата. Дали ще ги начислявате като разчет или не, си е ваша работа. Ако ги начислявате, няма никакво значение кога ще ги начислите. 

 т.2 - Разделя се на броя на отработените  дни от месеца по т.1.

Не разсъждавате вярно. След като лицето е СОЛ по КСО (след като въобще е здравноосигурено на друго основание, а не по чл.40 ал.5 от ЗЗО) не дължи осигуровки върху наема.
А дали от облагаемия доход от наем могат да се приспаднат осигуровките,  сойто е внесъл като СОЛ-съдружник, не мога да кажа. Лично аз бих прегледала законите по-подробно и ако няма изрично ограничение, бих ги приспаднала

1. Да. 30.09.
2. Възможно

Коригирайте Д1 за съответните месеци и си довнесете осигуровките.
Подайте и Д6-13 с дължимите осигуровки

Дължимите за годината. Т.е. върху окончателния осиг.доход

Следва ли лицето да изравни здравните си осигуровки за получените доходи от електронна търговия?

След като има доходи от електронна търговия, то лицето попада в категорията "извършващ търговска дейност без да е регистрирано като ЕТ". В такъв случай подлежи на осигураване по чл.4, ал.3, т.2 от КСО и по чл.40, ал.1, т 2 на ЗЗО върху поне 610 лв месечно през 2020. Така че не само че трабва да изравнявате ЗО, но не и според чл. 40, ал.5 на ЗЗО.

Да, вариант 3 противоречи на указанията.
Вариант 2 също противоречи, но поне няма ощетяване на бюджета

Мисля, че съвсем подробно написах как трябва да е.

Указания за попълване на Таблица 1
Облагаемият доход в редове от 1 до 12 на колона 5 се определя като сумата в ред 13 се разделя на броя на месеците, през които лицето е упражнявало трудова дейност като самоосигуряващо се лице, независимо от броя на отработените през месеца дни.

Казано си е в прав текст. Дори е болднато.

Опитайте с Вашата схема в таблица 1 и/или 2 на ГДД. При тези цифри пак няма да се получи за довнасяне
Ако попълните с данните, които сте дали първоначално, ще видите, че по моята схема ще довнасяте повече. НАП  това  и искат

ПП Схемата, която Ви посочих, не съм си я измислила. Точно такива са указанията към Таблици 1 и 2

Как от  2000 , 5000 и 4000 получихте 12000?
Принципно:
2000+5000+4000= 11000
11000 25% от 11000 = 8250
8250/12=687,50
На ред 13 , колона 5 - 8250. За всеки месец в колона 5 - по 687,50
За месец ред в к.4  - по 420
В колони 6 и 7 - както се получи

Това е при условие, че и през 12-те месеца сте били СОЛ, независимо по колко дни, и се се осигурявали на 420 лв

Не смятам, че е нужно да променяте основната ик.дейност в АВ. В отчета за НСИ отбележете кода, който съответства на тазгодишната Ви дейност

Вариант 1: държите си парите в касата и във всеки един момент можете да покажете наличността
Вариант 2: внасяте ги в банка

нали подава гдд по чл.50

Е, и?

А защо не?

Обезщетението до 410-ия ден ще получавате и ако напуснете работа преди това.
За периода от 410-ия ден до края на втората година имате право на обезщетение от 380 лв, ако сте на ТД и ползвате отпуск за гледане на дете до 2 г. или на 190 лв, ако през това време работите по ТД

осигуровките на СОЛ са си за негова сметка и съответно лихвите
Да, осигуровките са да негова сметка, но лихвите може и да не са Зависи кой е трябвало да внесе осигуровките - СОЛ-ФЛ или фирмата. Ако СОЛът си е плащал осигуровките от неговата сметка или по друг начин, но не чрез фирмата, тогава наистина са за негова сметка. В такъв случай Вие нямаше да питате за тях, нали
Щом осигуровките се внасят чрез банковата сметка на фирмата, какво е виновен СОЛът, че счетито е пропуснало датата? Той си поема задължението да възстанови сумата на осигуровките в касата/банката на фирмата, но защо да плаща и лихви?

Не казвате на какъв етап от майчинството сте - до 135 дни, до 410 дни, до 2 години...
По принцип:
1. Може. Предизвестието можете да подадете и без да се връщате на работа, докато си тече майчинството. Договорът се прекратява след изтичане на предизвестието. Може и по взаимно съгласие, ако работодателят е навит. Важното е при новия работодател да имате поне един отработен ден за да продължите с майчинството.
2. Може. Докато ползвате майчинството по ТД се водите "осигурена на друго основание" и върху ГД се дължат осигуровки /здравни и за пенсия/ и данък.  Част от осигуровките са да ваша сметка - 6,58 % ДОО, 2,2% ДЗПО и 3,2% ЗО. От сумата по ГД се приспадат 25%, върху остатъка се начисляват осигуровки. Данъкът е 10% от (сумата по ГД - 25% - личните осигуровки). Плащат Ви договорената сума по ГД, намалена с личните осигуровки и данъка